Con la llegada de los españoles al continente americano, su irrupción en los antiguos territorios del salar de Atacama, solo dejaron desastres que terminaron con la destrucción de los antiguos pucaras. Según los antecedentes expuestos por el historiador nacional Jorge Hidalgo, tras un largo tiempo de insurrecciones y conflictos, es en el siglo XVIII cuando se registra recién la fundación del pueblo de San Pedro de Atacama. Su función tuvo como fin agrupar a la mayoría de los habitantes que vivían en las zonas cordilleranas.

La Iglesia de San Pedro de Atacama se encuentra emplazada a un costado de la plaza del pueblo. Con la conquista de los españoles, este pueblo fue dominado y evangelizado, estableciéndose el cristianismo en un proceso de sincretismo cultural que ha dejado su huella hasta la actualidad.

El templo de San Pedro fue construido en el año 1557, posiblemente bajo jurisdicción del Obispado de Cuzco. Sin embargo, el inmueble que se conserva hasta hoy es producto de una ampliación sobre el templo anterior, efectuada a mediados del siglo XVIII, sobre la cual, a su vez, se han realizado reconstrucciones parciales requeridas después de sismos e incendios. Este edificio es el más grande de las edificaciones eclesiásticas del territorio atacameño.

En el año 1951 fue declarado monumento histórico nacional, por el Estado de Chile, y arduamente se han realizado diferentes restauraciones que conservan su fisonomía. Algunas investigaciones evidencian que se edificó en reemplazo de otra más antigua construida en madera y que posee todas las características del estilo mestizo andino, al ser de volumetría compacta, con muros de adobe de casi un metro de ancho y una cubierta a dos aguas, además de un preciado equipamiento religioso.