Su construcción fue de tipo modular y datado en el año 1869, siendo edificado inicialmente en el puerto de Mejillones. En 1888 se encargó el desarme, traslado y rearme del edificio, además de la construcción de los nuevos cimientos, ahora en Antofagasta, con el objetivo de que el mismo reemplazara al edificio de la antigua aduana boliviana, siniestrado en 1885. Sus funciones como recinto aduanero cesaron en 1966.

En la actualidad, luego de una restauración, sus dependencias son ocupadas por el Museo Regional de Antofagasta. Compuesto de 11 salas, sus colecciones recorren diferentes ámbitos, como la flora y fauna de la región, una colección con diferentes piezas que testimonian los primeros asentamientos humanos de la región, además de periodos históricos que atraviesan episodios fundacionales post coloniales.

El museo presenta aproximadamente 10.000 piezas, entre objetos arqueológicos de la cultura prehispánica del sector costero, objetos históricos como documentos y objetos geológicos como minerales.

La gran parte de las colecciones provienen del antiguo Museo Regional de la Universidad del Norte. Durante el año 2019, este centro cultural registró 32.708 visitas, además de recibir conferencias y actividades académicas de divulgación científica, siendo el principal centro de formación académica y a la vez, centro de difusión para los turistas que arriban a la ciudad. De manera colindante, el antiguo edificio de intendencia de la ciudad, alberga una biblioteca y un archivo que ofrecen información histórica a los visitantes.